El corredor de la formación Lotto-Dstny superó al estadounidense Magnus Sheffield (INEOS Grenadiers) y al suizo Stefan Bissegger (EF Education - EasyPost) con un tiempo de 16 minutos y 59 segundos.
Entre los candidatos a la victoria, el belga Tim Wellens (5º) y el francés Christophe Laporte (7º) lograron un buen resultado de cara a la clasificación general.
Otro de los favoritos, el campeón del mundo neerlandés Mathieu van der Poel limitó las pérdidas y se queda a 36 segundos de Segaert en la general.
Favorito del contrarreloj, el italiano Filippo Ganna causó baja debido "a un estado de fatiga avanzado", explicó su formación.
El viernes el pelotón partirá desde la costa belga en Blankenberg para una etapa llana de 185,5 kilómetros.
Clasificación de la 2ª etapa del Tour de Benelux:
1. Alec Segaert (BEL/Lotto-Dstny), los 15,3 km en 16:59
2. Magnus Sheffield (USA) a 7.
3. Stefan Bissegger (SUI) a 10
4. Tobias Foss (NOR) a 11.
5. Tim Wellens (BEL) a 16.
Clasificación general:
1. Alec Segaert (BEL/Lotto-Dstny) en 3 h 58:00
2. Magnus Sheffield (USA) a 7.
3. Tobias Foss (NOR) a 11.
4. Tim Wellens (BEL) a 16.
5. Ben Turner (GBR) a 22.
6. Christophe Laporte (FRA) a 23.