Aunque es su tercer empate consecutivo, el Inter sigue liderando la clasificación para el trofeo Supporters' Shield, que reconoce al mejor equipo de la temporada regular.
Messi anotó en el minuto 67 con un zurdazo desde fuera del área que igualó el tanto logrado por el polaco Karol Swiderski en un contragolpe en el 57'.
El astro argentino, de 37 años, llegó así a 15 goles en 16 partidos jugados esta campaña, a seis tantos de distancia del máximo artillero de la MLS, el belga Christian Benteke (DC United), que ha disputado 27 juegos.
Tras varias acciones protestadas, incluido un penalti revertido por el VAR, Messi se encaró tras el partido con el cuerpo arbitral y recibió una tarjeta amarilla antes de que su compañero Jordi Alba lo apartara de la zona.
En un choque de gran exigencia física, el capitán albiceleste desperdició de forma inusual varias claras ocasiones de gol frente al arquero croata Kristijan Kahlina, que acabó siendo la figura de la noche en el Chase Stadium de Fort Lauderdale (afueras de Miami).
El argentino estuvo muy activo en el arranque de este pulso entre la mejor ofensiva del campeonato, la del Inter, y la segunda mejor defensa.
A los ocho minutos, Messi se encontró en un mano a mano con Kahlina tras un gran servicio del paraguayo Diego Gómez pero el arquero croata logró despejar su impreciso disparo.
El ocho veces ganador del Balón de Oro dispuso de otra inmejorable ocasión en el arranque de la segunda mitad en una pelota cedida de cabeza por Suárez que remató sin potencia.
Dirigidos por el inglés Dean Smith, ex técnico del Aston Villa, los jugadores del Charlotte gozaron de grandes espacios a la espalda de la defensa local pero el único en ver puerta fue el polaco Swiderski, que desvió un remate de Brandt Bronico despistando al arquero Drake Callender.
Messi rozó el empate con un zurdazo desde fuera del área que atajó Kahlina pero, pocos minutos después, acertó con la misma fórmula al colocar la pelota ajustada al palo contrario.
Con el Inter volcado en el área rival, el uruguayo Luis Suárez erró la última oportunidad en el minuto 90+11 al rematar alto en el área pequeña.
Pugna por el Supporters' Shield
El técnico de los locales, Gerardo Martino, arriesgó con los cambios en la recta final para apoderarse de tres valiosos puntos para concluir en el liderato de la fase regular y disputar todas las eliminatorias de playoffs como local.
El Inter lidera esa clasificación con 65 puntos seguido del LA Galaxy (58) y el Columbus Crew (57), que tiene un partido menos.
En un duelo decisivo, el Inter visitará el miércoles la cancha de Columbus, que este sábado empató 2-2 con el DC United.
"Es una pena no haber podido aprovechar el empate de Columbus pero no tenemos reproches de que el equipo se haya tirado atrás o no haya tenido situaciones", declaró Martino.
"Nos convirtieron en el segundo tiempo y teníamos que hacer dos goles pero creo que la búsqueda fue buena, no desesperada (...) Lo intentamos de diversas maneras pero no lo conseguimos", expuso el exseleccionador argentino.
La magia de 'Cucho'
Columbus Crew también comenzó su partido ante el DC United por detrás en el marcador por el gol inicial de Benteke. El canadiense Jacen Russell-Rowe y el colombiano Juan Camilo 'Cucho' Hernández le dieron la vuelta pero el ariete belga volvió a igualar a nueve minutos del final.
Hernández selló su decimosexto del curso con un delicioso toque desde fuera del área que sorprendió por arriba al portero local.
En otros escenarios, el delantero venezolano Josef Martínez marcó dos tantos en la goleada del Montreal 3-0 al San Jose Earthquakes y el extremo costarricense Alonso Martínez firmó otro doblete en el contundente triunfo del New York City FC 5-1 en la cancha de su vecino New York Red Bulls.