El español competirá por su segundo título del US Open en tres temporadas cuando comience el último Grand Slam del año, el 26 de agosto.
"Ha sido una temporada muy larga para mí y debido a la acumulación de partidos y al cansancio, no podré jugar en Montreal este año", dijo Alcaraz.
"Tenía muchas ganas de volver a Canadá y disfrutar del cariño de los aficionados. Espero verlos a todos en Montreal en los próximos años", agregó.
El tenista español se sumó así a la retirada de Novak Djokovic, número dos del mundo, del torneo canadiense, anunciaron el lunes los organizadores.
Alcaraz, tres del mundo, con 37 victorias y 6 derrotas esta temporada, aún mantiene su participación a finales de este mes en Cincinnati, donde perdió en la final el año pasado.
"Obviamente, estamos decepcionados de que Carlos no esté con nosotros este año", dijo la directora del torneo, Valerie Tetreault. "También éramos muy conscientes de que ha tenido un verano muy ajetreado y que actualmente está en busca de una gran hazaña: ganar consecutivamente el Abierto de Francia, Wimbledon y los Juegos Olímpicos".
Los organizadores también anunciaron las retiradas de Francisco Cerúndolo (26º) y Jiri Lehecka (30º).
El estadounidense Marcos Giron (38º), el australiano Alexei Popyrin (63º) y el italiano Flavio Cobolli (48º) accedieron al cuadro principal de Montreal.